怀远县境内主要自然河流，自北向南依次有澥河、淝河、涡河、淮河、芡河、天河、泥黑河，人工河道有双龙河、青沟河、新淝河、符怀新河和茨淮新河等。
1.淮河
源出河南省桐柏山，于三河尖流入安徽省境，于南湖村东南1000米处入县境，经荆、涂二山狭谷，东流蚌埠闸出境，流经怀远39.5千米，县内流域面积289平方千米，在县城东北与涡河相会。
2.涡河
源于河南省开封县西，于蒙城县界沟入境，至县城东注入淮河，过境约55千米，县内流域面积154.6平方千米。上游支流呈扇形分布，客水面积15735平方千米。涡河正常情况下水深5-8米。
茨淮新河
人工河道，西起茨河铺，经利辛县双沟、蒙城、凤台于颜庄入境，在荆山西南截芡河入淮，全长137千米，境内段长40.2千米，流域面积65平方千米，正常水深7-8米，分洪流量2000秒立方米。
3.芡河
源出涡阳县杉木桥，流经利辛县、蒙城县，于夏庄流入县境，经荆山西南进入淮河。70年代改由茨淮新河入淮，境内流域546平方千米。长44千米。
4.北淝河
源出河南商丘，流经蒙城，于瓦埠集进入县境，至曹家畈，被拦河坝堵截，改向东北经新淝河进入澥河;曹家畈以下由沫河口流入淮河。瓦埠集至曹家畈段长51.5千米，曹家畈至三汊河段长16千米，流域面积1047平方千米。河面宽而浅。
